I found a much better solution : imagemagick
I made a little perl Script:
PHP Code:
#!/usr/bin/perl
use strict;
my $prefix "bmp";
my $output "png";
my $colour "#694a2e";
my $dir "/home/finn/imgs" 
my $file;

my @files glob("*.$prefix");
chdir($dir);
mkdir("converted"0755);
foreach 
$file (@files)
{
    for(
1..4) { chop($file); }
    
system("convert -transparent \"$colour\"".         
        
" \"$file.$prefix\" \"converted/$file.$output\"");